1. 사실관계

가. 원고는 2004. 10. 12. 이 사건 부동산을 경매로 취득한 후, 2012. 2. 26. OO중공업 주식회사(이하 ‘이 사건 양수회사’라고 한다)에 양도하였다.

나. 원고는 2012. 4. 27. 양도소득세를 신고하면서, 2004. 11. 1.부터 2005. 6. 1.까지 사이에 이 사건 부동산 중 건물에 대한 리모델링 공사(이하 ‘이 사건 공사’라고 한다)를 하여 시공업체에 공사비 285,000,000원을 지급하였고, 그 외에 기승압공사비 26,500,000원을 지급하였음을 이유로 위 비용들을 필요경비로 신고하였다.

다. 강동세무서장은 2012. 10. 4.부터 2012. 10. 23.까지 원고에 대하여 세무조사를 하였고, 원고가 이 사건 공사에 대한 공사계약서 및 공사내역서, 금융거래내역서, 이 사건 양수회사가 2006. 12. 19. 이 사건 부동산을 임차할 당시 리모델링 공사가 되어 있었다는 취지의 이 사건 양수회사 대표자 소외 1의 확인서를 제출하자 이 사건 공사비에 한하여 필요경비로 인정하는 것으로 세무조사를 종결하였다.

라. 그 후 국세청은 강동세무서에 대한 업무감사를 실시하여, 시공업체가 공사비에 대한 세금계산서를 발급하지 않았고 원고가 제시한 공사비 지급내역도 수취자 미확인 등으로 신빙성이 없다는 이유로, 이 사건 공사가 실제 진행되었는지를 검토하여 원고에 대한 양도소득세를 재경정하도록 시정지시를 하였다.

마. 이에 강동세무서의 조사담당 공무원은 2014. 7. 23.부터 2014. 7. 25.까지 이 사건 공사여부를 확인하기 위해 이 사건 부동산을 현장 방문하여, 이 사건 양수회사의 대표자 소외 1과 직원 소외 2를 만나서 소외 1 명의의 확인서가 위조되었고 실제는 이 사건 공사가 이루어지지 않았다는 취지의 진술서와 관련 장부를 제출받은 후, 이 사건 공사가 실제로 이루어지지 않았다고 보아 이 사건 공사비를 부인하였다(이하 ‘이 사건 재조사’라고 한다). 원고의 주소지를 관할하는 피고는 2014. 10. 1. 원고에 대하여 2012년 귀속 양도소득세를 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 법령에서 금지된 재조사를 하였으나, 재조사로 얻은 과세자료를 제외하더라도 과세처분이 가능하였다면 그 과세처분은 적법한지 여부이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2017. 12. 13. 선고 2016두55421 판결)

가. 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4는 제1항에서 “세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다”고 규정하고 있다. 이어 제2항에서 “세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다”고 규정하면서, 그 각 호에서 재조사가 허용되는 경우로 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’(제1호), ‘거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우’(제2호), ‘2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우’(제3호), ‘이의신청이나 심사청구 또는 심판청구가 이유 있다고 인정되어 필요한 처분의 결정을 하여 그 결정에 따라 조사를 하는 경우’(제4호), ‘그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우’(제5호)를 들고 있다.

세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서만 행하여져야 하고, 더욱이 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지할 필요가 있다.

같은 취지에서 국세기본법은 재조사가 예외적으로 허용되는 경우를 엄격히 제한하고 있는바, 그와 같이 한정적으로 열거된 요건을 갖추지 못한 경우 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 원칙적으로 금지되고, 나아가 이러한 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 때에는 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재한다고 보아야 한다.

이러한 관련 규정들의 문언과 체계, 재조사를 엄격하게 제한하는 입법취지, 그 위반의 효과 등을 종합하여 보면, 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 기하여 과세처분을 하는 것은 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정하는 경우에 불과하다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하고, 이는 과세관청이 그러한 재조사로 얻은 과세자료를 과세처분의 근거로 삼지 않았다거나 이를 배제하고서도 동일한 과세처분이 가능한 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니다.

나. 위와 같은 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 재조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 각 호에서 정한 재조사가 예외적으로 허용되는 경우에 해당한다고 볼 수 없어 같은 항에 따라 금지되는 것이었으므로, 이 사건 재조사에 기한 이 사건 처분은 이 사건 재조사로 얻은 과세자료를 근거로 삼았는지 또는 이를 배제하고서도 가능한지를 따질 것도 없이 위법하다.

그럼에도 원심은 이와 달리 피고가 이 사건 재조사로 얻은 과세자료를 판단의 근거로 삼지 않았고, 그 과세자료를 제외하더라도 이 사건 처분이 가능하였다는 이유로 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 중복세무조사금지의 원칙에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.

4. 대상 판결에 대하여

가. 세무조사와 관련한 최근 판례의 동향

아래에서 보는 바와 같이 최근 대법원은 과세관청이 세무조사를 실시함에 있어서는 세무조사대상자의 선정부터 세무조사 진행과정(중복조사 여부) 및 세무조사를 종료한 후 세무조사결과통지를 할 때까지 법령에서 정한 모든 절차를 엄격하게 준수할 것을 요구하는 취지의 판결을 계속해 오고 있고, 재조사는 엄격한 요건 하에 매우 예외적으로 인정하고 있다.

(1) 세무조사대상자 선정과 관련한 대법원 판결

대법원은, ① ‘구 국세기본법 제81조의5가 정한 세무조사대상 선정사유가 없음에도 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세처분을 하는 것은 적법절차의 원칙을 어기고 구 국세기본법 제81조의5와 제81조의3 제1항을 위반한 것으로서 특별한 사정이 없는 한 과세처분은 위법하다’고 판결하였다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결). 또한 대법원은, ② ‘국세기본법은 제81조의4 제1항에서 “세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.”라고 규정하고 있다(이하 ‘이 사건 조항’이라고 한다).

이 사건 조항은 세무조사의 적법 요건으로 객관적 필요성, 최소성, 권한 남용의 금지 등을 규정하고 있는데, 이는 법치국가원리를 조세절차법의 영역에서도 관철하기 위한 것으로서 그 자체로서 구체적인 법규적 효력을 가진다. 따라서 세무조사가 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증이라는 그 본연의 목적이 아니라 부정한 목적을 위하여 행하여진 것이라면 이는 세무조사에 중대한 위법사유가 있는 경우에 해당하고 이러한 세무조사에 의하여 수집된 과세자료를 기초로 한 과세처분 역시 위법하다고 보아야 한다‘라고 판시(대법원 2016. 12. 15. 선고 2016두47659 판결)함으로써 세무공무원이 사적 분쟁해결방편으로 세무조사를 실시한 경우 그러한 부정한 목적을 위하여 행하여진 세무조사에 따른 과세처분도 위법하다는 입장이다.

(2) 세무조사 진행과정(중복조사 여부)과 관련한 대법원 판결

대법원은, ① ‘중복조사가 허용되는 구 국세기본법 시행령 제63조의2 제2호 전단에 정한 ‘각종 과세자료의 처리를 위한 재조사’에서의 ‘각종 과세자료’란 세무조사권을 남용하거나 자의적으로 행사할 우려가 없는 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위하여 작성하거나 취득하여 과세관청에 제공한 자료로서 국세의 부과ㆍ징수와 납세의 관리에 필요한 자료를 의미하고, 이러한 자료에는 과세관청이 종전 세무조사에서 작성하거나 취득한 과세자료는 포함되지 아니한다‘고 판시하였고(대법원 2015. 5. 28. 선고 2014두43257 판결), ② 구 국세기본법(2002. 12. 18. 법률 제6782호로 개정되기 전의 것) 제81조의3에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 조세의 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우로 엄격히 제한되어야 하고, 따라서 객관성과 합리성이 뒷받침되지 않는 한 탈세제보가 구체적이라는 사정만으로는 여기에 해당한다고 보기 어려우며(대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두19294 판결, 대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10461 판결), ③ 이러한 자료에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는다고 판시하였다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010두6083 판결).

또한 대법원은, ④ ‘세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니며, 다만, 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다고 볼 것’이라고 판시하였다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결, 대법원 2015. 9. 10. 선고 2013두6206 판결).

대법원은 위와 같은 입장에서, ⑤ ‘업무무관 가지급금 등 채권의 회수지연이 있을 경우 그것은 해당 사업연도 인정이자 익금산입 대상 및 차입금 지급이자 손금불산입 대상이 되고 그러한 잘못은 채권의 회수지연이 계속되는 한 다른 사업연도에도 영향을 미치므로 이를 시정하는 기회에 다른 사업연도의 잘못도 함께 시정할 필요가 있는 점, 각 사업연도마다 같은 종류의 잘못이 반복되는 경우에는 그 조사대상이 한정될 뿐만 아니라 조사내용도 단순명료한 경우가 대부분이어서 조사에 따른 납세자의 부담은 크지 아니한 반면 이러한 사유가 있다고 하여 과세관청에 대하여 다른 사업연도 전반에 관한 조사로 확대하기를 기대하기는 어려운 점 등에 비추어 보면, 서울지방국세청장이 제1차 세무조사 당시 원고의 소외 회사들에 대한 구상금채권 등의 회수지연이 업무무관 가지급금에 해당한다고 보아 그에 국한하여 2002 사업연도에 관한 조사를 하였다가 제1차 세무조사 당시 조사한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 제2차 세무조사를 하는 것은, 당초 세무조사 당시 다른 과세기간의 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에 해당하여 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다고 할 것’이라고 판시하였다(대법원 2015. 3. 26. 선고 2012두14224 판결).

한편, 중복조사와 관련한 위와 같은 판결들로 인하여 과세관청의 정당한 과세권 행사가 지나치게 제한을 받게 된다는 비판이 제기되었다. 이에 2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정된 국세기본법 제81조의4 제2항 제6호에 “제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우”를 예외적으로 허용되는 중복조사로 신설하였고, 2018. 1. 1. 이후 개시하는 세무조사부터 적용하도록 하였다. 따라서 2018. 1. 1. 이후부터는 국세기본법 제81조의11 제3항에 따른 부분조사 이후 그 부분을 제외한 나머지 부분에 대해서는 중복조사가 가능하게 되었다.

한편, 최근 대법원은, ⑥ ‘세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 구 조사사무처리규정에서 정한 ‘현지확인’의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 보아야 한다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다.

그리고 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실ㆍ사업장ㆍ공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부ㆍ서류ㆍ물건 등을 검사ㆍ조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것‘이라고 하여 국세청 훈령인 조사사무처리규정에 따른 ‘현지확인’도 사안에 따라 재조사가 금지되는 세무조사에 해당된다고 판시하였다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결).

또한 대법원은 위 대법원 2014두8360 판결의 취지에 따라, ⑦ ’피고 법인세과 신고 담당 공무원은 중부지방국세청장의 피고에 대한 정기종합감사 과정에서 원고의 법인세 신고내용이 복잡하다는 이유로 원고에게 감사담당 공무원 앞에서 이를 대신 설명하여 달라고 요청한 점, 이에 원고 회계팀장과 세무자문 회계사는 피고 담당공무원을 대신하여 감사담당 공무원에게 당초 법인세 신고 당시에 원고가 제출한 자료를 중심으로 약 30분 내지 1시간 동안 그 계산근거 등에 대하여 단순한 설명을 진행한 점 등에 비추어 보면, 원고가 피고의 요청에 따라 위와 같이 설명하였다는 사정만으로는 그것이 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하여 그 이후에 실시된 원고에 대한 2007 내지 2011 사업연도 법인세 통합조사가 재조사로서 위법하다고 보기 어렵다‘는 취지로 판시하였다(대법원 2017. 4. 13. 선고 2016두64043 판결). 즉, 세무조사의 경위와 내용 등을 종합하여 금지되는 세무조사에 해당되는지 여부를 판단하라는 것이 대법원의 입장이다.

(3) 세무조사종결과 관련한 대법원 판결

국세기본법 제81조의15 및 같은 법 시행령 제63조의14는 사전구제절차로서 세무조사결과 통지 및 과세예고 통지에 대한 과세전적부심사 제도를 규정하고 있다. 대법원은 ① 감사원의 감사결과 처분지시나 시정요구에 따라 과세처분을 하는 경우에는 과세예고통지를 하지 아니하고 과세처분을 한다는 국세청 훈령에 따라 과세예고 통지를 하지 아니한 채 과세처분을 한 사안에서, ‘위 사전구제절차가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법 등을 종합적으로 고려하여 보면, 국세기본법 및 구 국세기본법 시행령이 과세예고 통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고 통지를 하지 아니함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다‘라고 판시하였다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결).

위 2015두52326 판결이 선고된 이후인 2017. 2. 7. 대통령령 제27833호로 개정된 국세기본법 시행령 제63조의14 제2항 제3호는 “3. 납세고지하려는 세액이 1백만원 이상인 과세예고 통지. 다만, 「감사원법」 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다”라고 규정하였다. 따라서 이제는 감사원법에 의한 시정요구에 따라 과세처분을 하는 경우에도 그 시정요구 전에 소명안내를 받은 경우에는 과세전적부심사청구를 할 수 없게 되었다.

또한 대법원은 ② 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기간이 경과하지 아니하여 납세자가 과세전적부심사 청구를 하기도 전에 소득금액변동통지 및 과세처분을 한 사안에서, ‘국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것‘이라고 판시하였다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결).

나. 대상 판결의 의의

위 대법원 2014두8360 판결은 금지되는 재조사인지 여부를 판단하는 기준을 비교적 명확하게 제시하였다. 즉, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 형식이 현장확인이라고 하더라도 금지되는 재조사에 해당된다는 것이다. 그러나 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵다는 것이다.

대상 판결은 위와 같은 법리에 따라 이 사건 재조사가 국세기본법에서 허용되는 재조사라고 볼 수 없다고 판단하였다. 대상 판결은 위 대법원 2014두8360 판결에서 더 나아가 금지되는 재조사에 기한 처분은 재조사로 얻은 과세자료를 근거로 삼은 것인지 여부와는 관계 없이 위법하다는 점을 명확하게 선언한 점에 의미가 있다. 즉, 재조사가 금지되는 재조사에 해당되는 이상 그 재조사로 얻은 과세자료를 제외하고 처분이 가능하였다고 하더라도 그 처분은 위법하다는 것이 대상 판결의 취지이다.

다. 관련 문제대법원이 위에서 본 바와 같은 세무조사의 절차적 위법을 이유로 과세처분을 취소한 이후에 남는 과제는 과세관청이 그러한 절차적 위법을 시정하여 재처분을 할 수 있는지 하는 것이다. 예를 들면, 과세예고통지를 하지 아니하여 과세전적부심사청구의 기회를 박탈한 채 이루어진 위법한 과세처분이라는 이유로 과세처분이 취소된 이후에 과세관청이 특례제척기간 내(국세기본법 제26조의2 제2항)에 다시 과세예고통지를 하고 과세전적부심사 절차를 거쳐 과세처분을 한다거나 또는 금지된 중복세무조사에 따른 위법한 과세처분이라는 이유로 과세처분이 취소된 이후에 재조사 없이 이미 확보한 자료를 근거로 과세처분을 하는 경우 그 과세처분은 적법한 처분이 되는지의 문제이다.

일반적으로 납세고지서의 필요적 기재사항을 누락하는 것과 같은 절차적 위법을 이유로 과세처분이 취소된 경우 과세관청은 납세고지서의 누락사항을 보완하여 기재한 납세고지서로 다시 고지하는 등의 절차를 거쳐 적법하게 새로운 처분을 할 수 있다(대법원 2010. 6. 24. 선고 2007두16493 판결 등).위법한 중복조사나 세무조사선정절차상의 위법을 이유로 과세처분이 취소된 경우에는 국세기본법상 중복조사가 허용되지 아니하므로 과세관청이 다시 세무조사를 할 수 없고, 따라서 이러한 경우에는 과세관청이 새로운 과세처분을 할 수 없다고 할 것이다.

그런데, 과세예고 통지를 하지 아니하였다거나 과세예고 통지를 하였으나 과세전적부심사청구 기회를 박탈하고 과세처분을 하여 과세처분이 취소된 경우 다시 적법한 절차를 거쳐 과세처분을 하는 것이 가능한지는 문제이다.

위 대법원 2016두49228 판결과 같이 그 하자가 중대하고 명백하여 과세처분이 당연무효라고 하는 경우까지 언제든지 다시 처분을 할 수 있다고 한다면, 과세관청은 세법이 정한 절차를 무시하고 처분을 한 다음, 그것도 납세자가 불복하는 경우에 한하여 위법하다는 이유로 과세처분이 취소된다고 하더라도 다시 세법이 정한 절차를 거쳐 동일한 내용의 처분을 할 수 있다는 결론이 되는데, 이는 세법이 보장한 납세자의 권리를 형해화하는 결과가 된다(납세자가 불복하지 않으면 과세관청이 세법을 무시하고 위법한 처분을 하더라도 아무런 문제가 발생하지 않을 것이다).

따라서 세법이 보장한 납세자의 권리를 침해하였다는 이유로 처분이 취소된 경우에는 특례제척기간을 적용할 수 없고, 새로운 처분을 할 수 없다고 하는 것이 타당하다.

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