1. 세무조사(Tax Audit)

가. 의의

세무조사(稅務調査)란 ‘납세의무자가 세법에서 정한 납세의무를 성실하게 이행하였는지 여부를 확인하기 위하여 세무공무원이 질문·검사권을 행사하여 납세의무이행과 관련된 사실관계와 적법성을 조사하는 행위’이며 행정조사(行政調査)의 한 유형이다.

국세기본법 제81조의2에서는 ‘국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부 · 서류 또는 그 밖의 물건을 검사 · 조사하거나 그 제출을 명하는 경우(조세범칙조사를 포함)’를 세무조사로 통칭하고 있다.

실무상 세무조사는 직접적인 세금의 추징 외에 세금계산서발급의무위반 등 납세협력의무 위반에 따른 가산세 등의 부과나 해외금융계좌신고의무 위반에 대한 과태료 부과 등 납세협력의무 위반에 대한 조사도 있고, 체납정리를 위해 납세자의 은익재산을 추적 조사하는 징수처분을 위한 조사, 국세환급금 지급을 위한 현장조사 등 여러 가지 목적으로 세무조사가 이루어진다. 국세기본법 제81조의2에서는 세무조사의 의미를 ‘국세의 과세표준과 세액의 결정과 경정을 위한 세무조사’로 한정하고 있어 ‘협의의 세무조사’로 국한하여 사용되고 있다.

이러한 세무조사의 목적은 납세의무자가 세법상의 납세의무를 성실하게 이를 이행하는 경우도 있지만 성실하지 못한 경우도 있으므로 공평한 과세를 위하여 세무조사를 통해 불성실납세자의 누락된 세액을 추징할 필요가 있고, 이러한 세무조사를 통해 납세의무자로 하여금 언제든지 강제적으로 세금을 추징당하고 가산세 등의 제재를 받을 수 있다는 의식을 가지게 함으로써 납세의무자가 스스로 성실하게 납세의무를 이행하도록 유도하기 위한 목적도 있다.

세무조사는 납세자의 재산권에 중대한 영향을 미치는 행위이므로 적법한 절차에 따라 이행되어야 하며, 부당하게 납세자의 권리를 침해하지 않아야 한다. 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고 모든 국가작용 전반에 대하여 적용되는 것이므로 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 이러한 적법절차의 원칙을 준수하여야 한다(대법원 2014. 6. 26. 선고, 2012두911 판결 참조).

세무조사는 적정하고 공평한 과세를 위한 조세정책적 목적으로만 운영되어야 하는데 조사대상자의 선정 등이 조세이외의 목적으로 이루어져 그 권한이 남용되는 경우도 빈번히 발생하여 보다 구체적인 내용이 법령에 규정될 필요가 있으며, 조사대상자의 선정기준과 조사결과 등도 투명하게 공개하여 세무조사에 대한 신뢰성을 높일 필요가 있다.

현재 세법은 세무조사의 절차 등에 관하여 기본적인 사항은 국세기본법에 규정을 두어 세무조사권의 남용을 방지하고 있으며, 보다 자세한 절차는 국세청 훈령인 ‘조사사무처리규정’을 통해 운영하고 있다. 세무조사중 조세범칙조사는 ‘조세범처벌절차법’과 국세청 훈령인 ‘조세범칙처분 집행기준’에 의해 운영되고 있다.

이러한 세무조사는 국세청 인력의 한계가 있기 때문에, 탈루혐의자와 정기조사가 필요한 일정규모이상의 사업자등에 한해 이루어지며 조사대상자는 매년 늘어나는 반면 조사인력의 한계로 조사대상자는 거의 늘어나지 않아 조사비율은 매년 줄어들고 있다.

국세통계(국세청)에 의하면, 법인사업자의 경우 2016년 전체 가동법인 673,374개 중에서 5,445개 법인을 조사하였고 조사비율은 0.8%, 부과세액은 5조 3,830억 원 정도이다. 2017년은 가동법인수 728,701개중에서 5,147개를 조사하여 조사비율은 0.7%로 줄었다. 조사비율이 2000년에는 1.9%, 2010년에는 1%였던 바, 법인사업자수는 매년 증가하는데 조사법인은 약 5천여개 내외로 고정되어 조사비율이 매년 감소하는 추세에 있다.

개인사업자의 경우에도 2017년 신고사업자 5,4874,671개중 4,911개를 조사하여 조사비율은 0.08%정도이며 추징세액은 1조 189억 원이다. 조사비율은 1% 내외를 유지하고 있다.

이중 조세범칙조사는 2017년의 경우 276건이며, 통고처분 34건, 불이행고발 37건, 직고발 167건, 무혐의가 38건이었다.

나. 세무조사의 종류

광의의 세무조사는 과세관청이 조세행정의 목적으로 이루어지는 모든 조사를 의미하며, 이러한 조사는 대체로 아래와 같은 조사로 분류될 수 있다.

⑴ 부과처분을 위한 조사

각 개별세법에 규정되어 있는 과세표준과 세액의 결정 및 경정을 위해 세무공무원이 납세자에게 질문이나 심문을 하거나, 장부와 서류 기타 물건에 대한 검사, 조사, 확인 등을 하는 것을 말한다. 이러한 부과처분을 위한 조사는 그 조사의 시행방법, 조사목적, 조사범위 등에 따라 일반조사, 긴급조사, 특별조사, 실지조사, 추계조사, 추적조사, 부분조사, 간접조사, 확인조사, 통합조사, 심층조사 등 다양하게 분류될 수 있다.

(2) 조세범칙처분을 위한 조사

부과처분을 위한 세무조사를 하는 과정에서 조세포탈 등 조세범칙 혐의가 있는 경우에는 조세범칙사건으로 전환하여 조사할 수 있으며, 이러한 조사를 조세범칙조사라고 한다. 일반세무조사는 개별세법에 규정된 세무공무원의 질문검사권에 의해 이루어지나, 조세범칙조사는 조세범처벌절차법에 따라 범죄혐의자와 참고인에 대한 심문, 각종 장부와 서류의 압수, 수색 또는 영치 등의 절차가 행하여진다.

(3) 국세징수 · 환급을 위한 조사

국세체납세액의 징수 또는 환급를 위하여 체납자의 숨겨진 재산이나 사업장 현황을 파악하기 위하여 이루어지는 조사를 말한다.

2. 세무조사의 제한

가. 세무조사권 남용금지 및 재조사(중복조사)의 제한

(1) 조사권 남용금지

세무조사는 적정하고 공평한 과세를 시행하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며 , 조세이외의 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 안 된다(국기법 제81조의4 제1항).

이와 같은 세무조사권 남용금지에 대한 규정은 대법원 판결(2016.12.15. 선고 2016두47659)이전에는 동 규정에 구체적인 집행기준이나 벌칙이 없어서 훈시적, 선언적 규정으로 보았고, 만일 조세이외 다른 목적으로 조사가 진행된다면, 국세청장은 세무조사권 남용에 대해 일반 형사적 책임을 질 수도 있다고 해석되어 왔다.

그러나 최근 훈시적 · 선언적 규정이라고 해석되어 온 조사권 남용규정이 그 자체로서 구체적인 법규적 효력을 가진다는 대법원 판결(2016.12.15. 선고 2016두47659)이 나왔다.

동 판결에서는 ‘국기법 제81조의4 제1항은 세무조사의 적법요건을 필요성 · 최소성 · 권한남용의 금지로 규정하고 있으며, 이는 법치국가원리를 조세절차법의 영역에서도 관철하기 위한 것으로서 그 자체로서 구체적인 법규적 효력을 가진다고 보았다. 따라서 세무조사가 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증이라는 본연의 목적이 아니라 부정한 목적을 위하여 행하여진 경우 중대한 위법사유에 해당하고, 세무조사에 의하여 수집된 과세자료를 기초로 한 과세처분은 위법하다’고 판시하여 세무조사 과정에서의 절차적 위법을 과세처분의 위법으로 연결시킬 수 있는 근거와 기준을 제시하였다.

(2) 중복조사(재조사) 금지

이러한 세무조사는 아래의 경우를 제외하고는 동일 세목 및 동일 과세기간에 대하여 재조사 내지 중복조사를 할 수 없다(국기법 제81조의4 제2항).

[재조사가 허용되는 예외적 사유]

1) 조세탈루의 협의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

- 필요경비로 신고한 토목공사증빙이 허위임이 확인된 경우(조심 2012중2276,2012.7.11.)
- 부가가치세 매입누락 사실이 새롭게 확인된 경우(서울행법 2009구합38251, 2010.8.19.)
- 주식 명의신탁에 대하여 검찰 수사기록 등에 의하여 명의신탁 경위를 확인한 경우(조심2014서4714, 2014.12.30.)

2) 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3) 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4) 심사청구, 이의신청, 심판청구에 대한 결정(취소, 경정, 기타 필요한 처분)에 따라 필요한 처 분을 하는 경우

5) 과세전적부심사청구,이의신청,심사청구,심판청구에서의 재조사결정에 따라 조사를 하는 경우

6) 세무공무원에게 금품을 제공하거나 알선한 경우

7) 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서교란행위를 하여 탈세한 협의가 있는 경우

8) 과세관청 외의 기관(2019.1.개정)이 직무상 목적으로 작성하거나 취득하여 과세관청에 제공한 자료의 처리나 국세환급금의 경정을 위한 학인 조사 등

(서울고법2008누38362, 2010.10.20.)
2차 세무조사는 1차 세무조사와 과세기간 세목 및 조사대상자가 동일하지만, 적극적인 로비와 뇌물을 주어 추징 세액이 줄어든 점, 검찰청 검사장이 수사 중 확보한 과세자료의 진위여부를 조사하여 결과를 통보하여 달라고 함에 따라 이루어진 것으로서 중복조사의 예외에 해당하는 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사에 해당됨

9) 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 (동일 자료에 대해 종전 세무조사에서 조세범칙조사심의위원회에서 혐의 없다고 인정한 경우는 제외)

이 경우 ‘동일 과세기간’이라함은 소득세 및 부가가치세의 과세기간 뿐 아니라 상속세등 기타 세목의 신고에 대한 조사도 동일 신고 건에 대해 재조사를 하면 중복조사에 해당하며, 이러한 재조사 내지 중복조사에 의해 과세처분을 한다면 취소사유가 된다.

예를 들어, 특정 사업연도에 대한 법인세 조사를 하면서 ‘주식변동상황내역’에 대한 조사를 누락하였다가 그 후 다시 주식변동상황내역을 조사하여 과세하는 것은 중복조사에 해당하며, 주식변동에 대한 조사를 하면서 특정인의 명의신탁사실을 확인한 후에도 이에 대해 과세를 하지 않았다가 상당기간이 지나 위 주식변동조사보고서 등을 근거로 다시 그 특정인에 대해 조사를 실시하고 명의신탁 증여세를 과세하는 것은 중복조사에 해당한다.

최근 법원의 판결은 재조사(중복세무조사)에 대해 엄격히 해석하여 납세자의 권리를 보호하는 경향의 판결을 하고 있다.

[세무조사의 범위에 대한 판결]

① 현장확인 등 명분의 조사

최근 재조사와 관련된 사안에서 대법원(2017.4.13. 선고 2016두64043 등)은 과세관청이 ‘세무조사’라는 명칭을 사용하지 않고 현장확인, 협조요청, 감사지적조치 등 제반 명목으로 납세자에 대해 사실관계 등을 조사하는 경우가 많은데, 이러한 조사가 세무조사에 해당하는지는 획일적으로 판단할 수 없으며, 그 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야한다‘고 하면서, 현장확인 등의 명분으로 조사를 하는 경우에도 그 조사가 단순한 사실관계의 확인을 위한 것이면 세무조사에 해당하지 아니하나, 납세자의 과세표준과 세액을 경정할 목적으로 상당기간 동안 현장을 방문하여 질문하거나 서류 등을 요구하는 것은 세무조사에 해당한다고 보아야 한다고 판결하였다. 다만, 상급기관이 하급기관의 세무조사에서 사실관계 등이 잘못된 부분에 대해 지적하고, 이러한 지적에 따라 그 오류를 수정하기 위한 부분에 국한하여 조사하는 것은 중복조사에 해당하지 아니한다.

② 상급기관의 감사지적에 따른 조사

상급기관의 감사지적에 따른 재조사에 대해 조세심판원(조심 2012광3965, 2013.7.25.)은 ‘세정집행과 관련하여 국세청장 및 지방국세청장은 그 산하 지방국세청장 및 세무서장의 직무를 감독할 권한과 의무가 있고, 이러한 과정에서 산하기관이 실시한 세무조사 등에 대하여 사실판단 등에 착오가 있거나 그 근거가 미흡한 경우 등은 재조사를 실시하는 것이 타당한 측면이 있다고 보았으나, 최근 대법원(2017.12.13. 선고 2016두55421)은 세무서에서 종결한 세무조사에 대해 국세청 본청에서 감사를 하고, 동 세무조사에 문제가 있으므로 재경정하라는 지시에 따라 다시 현장조사가 이루어지고 종전에 납세자가 제출한 확인서 등이 허위라는 진술서 등을 받아 이를 근거로 재경정한 사실에 대해 ‘구 국세기본법 시행령 제63조의2 전단에서 정한 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사에서의 과세자료는 ’세무조사권을 남용할 우려가 없는 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위하여 작성하거나 취득하여 과세관청에 제공한 자료로서 국세의 부과, 징수, 납세의 관리에 필요한 자료를 의미하므로 이 사건 자료는 이에 해당하지 않는다’고 하여 당초 세무조사의 흠결을 보완하기 위한 재조사를 금지하였고, 이에 기한 처분도 위법하다고 판단하였다.

나. 세무조사의 관할 및 조사대상자의 선정

(1) 세무조사의 관할

세무조사는 원칙적으로 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다(국기법 제81조의6 제1항).

다만, 다음 중 어느 하나의 사유에 해당하는 경우 국세청장(같은 지방국세청 소관 세무서 관할 조정의 경우 지방국세청장)이 그 관할을 조정할 수 있다(국기법 제81조의 6 제1항 및 국기령 제63조의3).

① 납세자가 사업을 실질적으로 관리하는 장소의 소재지와 납세지가 관할을 달리하는 경우

② 일정한 지역에서 주로 사업을 하는 납세자에 대하여 공정한 세무조사를 실시할 필요가 있는 경우 등 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절하다고 판단되는 경우

③ 세무조사 대상 납세자와 출자관계에 있는 자, 거래가 있는 자 또는 특수관계인에 해당하는 자 등에 대한 세무조사가 필요한 경우

④ 세무관서별 업무량과 세무조사 인력 등을 고려하여 관할을 조정할 필요가 있다고 판단되는 경우

(2) 세무조사 대상자 선정

① 정기선정

아래와 같은 경우에 조사대상자를 선정하는 방식을 정기선정이라고 한다(국기법 제81조의6 제6항).

1) 국세청장이 납세자의 신고내용의 성실도를 정기적으로 분석한 결과 불성실혐의가 있다고 인정되는 경우(정기세무조사대상자)
2) 최근 4개 과세기간 또는 사업연도 이상 동일 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 업종, 규모 등을 고려하여 신고내용이 적정한지를 검증할 필요가 있는 경우(장기 미조사자)
3) 무작위 추출방식에 의해 표본조사의 대상으로 선정된 경우(표본조사대상자)

정기선정은 국세청장이 일정 기준(신고성실도, 미조사기간 등)에 따라 선정한 전산상의 조사대상자명단을 기초로 지방국세청장(세원분석국) 또는 세무서장(세원관리과)이 적정인원을 선정한다.

② 수시선정

아래의 경우에는 수시로 세무조사 대상자로 선정할 수 있다(국기법 제81조의6제2항).

1) 납세자가 무신고 등 납세협력의무를 불이행한 경우
2) 무자료거래, 위장·가공거래 등과 같이 자신이 행한 것으로 표명하는 거래내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우
3) 납세자에게 구체적인 탈세제보가 있는 경우
4) 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

수시선정은 업종별(성형외과 등 병의원, 입시학원, 장례식장, 사채업자 등), 탈루유형별로 분석을 한 후 탈루협의가 큰 업체 순으로 수시로 선정한다.

다. 세무조사의 사전통지

세무공무원은 세무조사(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사는 제외)를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 10일 전에 다음 사항을 기재한 세무조사 사전 통지서로 통지하여야 한다.

1) 납세자 또는 납세관리인의 성명과 주소 또는 거소
2) 조사기간
3) 조사대상 세목 및 조사사유
4) 그 밖의 필요한 사항

다만, 사전에 통지하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다(국기법 제81의7 제1항, 영 제63조의6 및 규칙 제35조).

조사관청은 세무조사통지서가 주소불명 등의 사유로 반송되거나 납세자가 사전통지서의 수령을 고의로 기피하는 경우에는 공시송달을 하거나, 조사기간을 조정하거나, 조사철회를 하는 등 필요한 조치를 취한다.

라. 세무조사의 연기 및 장소변경신청

(1) 연기신청사유

세무조사 사전통지를 받은 납세자가 천재지변 등 다음에 해당하는 사유로 인하여 조사를 받기 곤란한 경우에는 관할세무관서의 장에게 조사를 연기해 줄 것을 신청할 수 있다.(국기법 제81의 7 제2항 및 국기령 제63의 7 제1항).

① 화재, 그 밖의 재해로 사업상 심각한 어려움이 있을 때
② 납세자 또는 납세관리인의 질병,장기출장 등으로 세무조사가 곤란하다고 판단될 때
③ 권한 있는 기관에 장부, 증거서류가 압수되거나 영치되었을 때
④ ‘①～③’에 준하는 사유가 있을 때

(2) 연기신청서의 제출

세무조사의 연기신청을 하려는 자는 다음의 사항을 적은 세무조사 연기신청서를 해당 행정기관의 장에게 제출하여야 한다(국기령 제63조의 7 제2항 및 국기칙 제36조 제1항).

1) 세무조사의 연기를 받고자 하는 자의 성명과 주소 또는 거소
2) 세무조사의 연기를 받으려는 기간
3) 세무조사의 연기를 받으려는 사유
4) 그 밖에 필요한 사항

(3) 연기신청 승인 여부 통지

세무조사의 연기신청을 받은 관할 세무관서의 장은 연기신청 승인 여부를 결정하고 그 결과를 조사개시 전까지 세무조사 연기신청 결과통지서에 의해 통지하여야 한다(국기법 제81조의 7 제3항 및 국기칙 제36조 제2항).

(4) 세무조사장소의 변경신청

조사사무처리규정 제33조 (조사장소의 한정) 규정에 따라, 세무조사는 주사무소, 주된 사업장 또는 주소지에서 실시함을 원칙으로 하나, 납세자가 ‘사업장 이외의 세무조사 장소 신청서’를 제출한 경우에 한하여 조사관서장의 승인을 받아 조사관서 사무실 또는 그 밖의 세무조사에 적합한 장소에서 실시할 수 있다.

마. 세무조사기간

(1) 세무조사 기간 및 연장사유

세무공무원은 조사대상 세목ㆍ업종ㆍ규모, 조사 난이도 등을 고려하여 세무조사 기간이 최소한이 되도록 하되, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사 기간의 연장사유와 기간을 납세자에게 세무조사기간 연장통지서로 통지하고 그 기간을 연장할 수 있다(국기법 제81조의 8 제1항, 제6항 및 규칙 제36의 2).

① 납세자가 장부ㆍ서류 등을 은닉하거나 제출을 지연하거나 거부하는 등 조사를 기피하는 행위가 명백한 경우
② 거래처 조사, 거래처 현지확인 또는 금융거래 현지확인이 필요한 경우
③ 세금탈루 혐의가 포착되거나 조사 과정에서 조사유형이 조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사로 전환되는 경우
④ 천재지변이나 노동쟁의로 조사가 중단되는 경우
⑤ 납세자보호관등이 세금탈루혐의와 관련하여 추가적인 사실 확인이 필요하다고 인정하는 경우
⑥ 세무조사 대상자가 세금탈루혐의에 대한 해명 등을 위하여 세무조사 기간의 연장을 신청한 경우로서 납세자보호관등이 이를 인정하는 경우

[참고] 세무조사기간 종료후 조사기간 연장통지의 효력

국세기본법 제18조의8 제2항의 규정에 따라 세무조사 기간을 연장하려는 때에는 연장 사유와 기간을 납세자에게 문서로 조사기간이 종료되기 전에 통지하여야 하는 것이며, 조사기간 종료 후에 통지한 조사기간 연장통지는 연장의 효력이 없음(기재부 국세예규심사위원회 결정사항, 2010.2.14).

(2) 세무조사 기간의 제한

세무공무원은 세무조사 기간을 정할 경우 세목·규모, 조사난이도 등을 고려하여 조사기간이 최소화되도록 하여야 하며, 조사대상 과세기간 중 연간 수입금액 또는 양도가액이 가장 큰 과세기간의 연간 수입금액 또는 양도가액이 100억원 미만인 납세자에 대한 세무조사 기간은 20일 이내로 한다(국기법 제81조의 8 제1항 및 제2항).

세무조사 기간을 연장함에 있어서도 최초로 연장하는 경우에는 관할세무관서의 장의 승인을 받아야 하고, 2회 이후 연장의 경우에는 관할 상급세무관서의 장의 승인을 받아 각각 20일 이내에서 연장할 수 있다. 다만, 다음의 경우에는 세무조사 기간의 제한 및 세무조사 연장기간의 제한을 받지 아니한다(국기법 제81조의 8 제3항).

① 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있어 실제 거래 내용에 대한 조사가 필요한 경우
② 국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래를 이용하여 세금을 탈루하거나 국내 탈루소득을 해외로 변칙유출한 혐의로 조사하는 경우
③ 명의위장, 이중장부의 작성, 차명계좌의 이용, 현금거래의 누락 등의 방법을 통하여 세금을 탈루한 혐의로 조사하는 경우
④ 거짓계약서 작성, 미등기양도 등을 이용한 부동산 투기 등을 통하여 세금을 탈루한 혐의로 조사하는 경우
⑤ 상속세ㆍ증여세 조사, 주식변동 조사, 범칙사건 조사 및 출자ㆍ거래관계에 있는 관련자에 대하여 동시조사를 하는 경우

(3) 세무조사의 중지 및 재개

세무공무원은 아래의 사유로 세무조사를 진행하기 어려운 경우에는 세무조사를 중지할 수 있으며, 이 경우 그 중지기간은 세무조사 기간 및 세무조사 연장기간에 산입되지 아니한다.

① 세무조사 연기신청 사유에 해당하는 사유가 있어 납세자가 조사중지를 신청한 경우
② 국외자료의 수집ㆍ제출 또는 상호합의절차 개시에 따라 외국 과세기관과의 협의가 필요한 경우
③ 다음 중 어느 하나에 해당하여 세무조사를 정상적으로 진행하기 어려운 경우

ㆍ납세자의 소재가 불명한 경우
ㆍ납세자가 해외로 출국한 경우
ㆍ납세자가 장부ㆍ서류 등을 은닉하거나 그 제출을 지연 또는 거부한 경우
ㆍ노동쟁의가 발생한 경우
ㆍ그 밖에 이와 유사한 사유가 있는 경우

④ 국세기본법 시행령 제63조의 15 제2항 제4호(같은 조 제3호에서 위임한 경우를 포함 함)에 따라 납세자보호관등이 세무조사의 일시중지를 요청하는 경우

한편, 세무공무원은 그 세무조사 중지사유가 소멸하게 되면 즉시 조사를 재개하여야 하되, 조세채권의 확보 등 긴급히 조사를 재개하여야 할 필요가 있는 경우에는 세무조사를 재개할 수 있다(국기법 제81조의 8 제4항, 제5항 및 국기령 제63조의 10). 세무조사를 중지 또는 재개하는 경우에는 그 사유를 문서로 통지하여야 한다(국기법 제81조의 8 제6힝).

(4) 세무조사의 조기종결

세무공무원은 세무조사 기간을 단축하기 위하여 노력하여야 하며, 장부기록 및 회계처리의 투명성 등 납세성실도를 검토하여 더 이상 조사할 사항이 없다고 판단될 때에는 조사기간 종료 전이라도 조사를 조기에 종결할 수 있다(국기법 제81의 8 제7항).

세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 다음의 경우를 제외하고는 조사진행 도중에 세무조사의 범위를 확대할 수 없다(국기법 §81의 9 ① 및 영 제63의 10 제1항 ).

① 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우
② 조사 과정에서 조세범칙조사(조세범 처벌절차법 §2 3호)로 전환하는 경우
③ 명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우
④ 그 밖에 구체적인 세금탈루 혐의가 있어 세무조사의 범위를 확대할 필요가 있는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우 1)

세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다(국기법 §81의 9 ②).

바. 세무조사 범위확대의 제한

세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 다음의 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다(국기법 제81조의 9 제1항 및 국기령 제63조의 11 제1항).

① 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우
② 명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우

* 세무조사 남용방지을 위해 조사과정에서 ‘조세범칙조사로 전환하는 경우’는 조사범위확대사유에서 제외함(2019.1. 국기영 개정)

세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다(국기법 제81조의 9 제2항). 조사범위 확대를 위해서는 대규모 납세자의 경우 납세자보호위원회의 승인을 거쳐야 하며, 중소규모 납세자의 경우 납세자보호관의 승인을 받아야 한다. 다만, 중소규모 납세자의 부분적인 범위확대는 조사관서장(조사국장,세무서장) 승인을 받아야 한다. 세무조사 범위가 확대된 경우에는 ‘조사범위확대(유형전환)통지’를 하여야 하며, 세무조사 범위를 임의로 확대하여 조사한 후 탈루혐의가 있으면 확대승인을 받는 식의 사후승인은 엄격히 금지 된다.

사. 장부 등 보관의 제한

세무공무원은 세무조사의 목적으로 납세자의 장부 등(장부 또는 서류 등을 말함)을 세무관서에 임의로 보관할 수 없다(국기법 제81조의 10 제1항).

다만, 납세자의 동의가 있는 경우에는 목적에 필요한 최소한의 범위에서 세무조사 기간동안 일시 보관할 수 있으며, 납세자의 장부 등을 세무관서에 일시 보관하고자 하는 경우에 세무공무원은 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자로부터 일시보관 동의서를 받아야 하며, 일시보관증을 교부하여야 한다(국기법 제81의 10 제1항, 제3항).

일시 보관하고 있는 장부 등에 대하여 납세자가 반환을 요청한 경우에는 조사에 지장이 없는 한 즉시 반환하여야 하며, 이 경우 세무공무원은 장부등의 사본을 보관할 수 있고, 그 사본이 원본과 다름없다는 사실을 확인하는 납세자의 서명 또는 날인을 요구할 수 있다(국기법 제81의 10 제2항).

아. 통합조사의 원칙

세무조사는 특정한 세목만을 조사할 필요가 있는 등 다음의 경우를 제외하고는 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고ㆍ납부의무가 있는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 한다(국기법 제81조의 11 및 영 제63의 12).

① 세목의 특성, 납세자의 신고유형, 사업규모, 세금탈루 혐의 등을 고려하여 특정 세목 만을 조사할 필요가 있는 경우
② 조세채권의 확보 등을 위하여 긴급히 조사할 필요가 있거나 혐의 내용이 특정 사업 장, 특정 항목 또는 특정 거래에만 한정되어 그와 관련된 특정 세목만을 조사할 필요 가 있는 경우
③ 법인이 주식 또는 출자지분을 시가보다 높거나 낮은 가액으로 거래하거나 자본거래로 해당 법인의 특수관계인 주주등에게 이익을 분여하거나 받은 구체적인 혐의가 있는 경우
④ 무자료거래, 위장가공거래 등 특정 거래내용이 사실과 다른 구체적인 혐의가 있는 경우로서 조세채권확보 등을 위하여 긴급한 조사가 필요한 경우

다만, 아래의 경우에는 부분조사를 실시할 수 있다.

① 국세기본법, 소득세법, 법인세법에 따른 경정 등 청구에 따른 처리(비거주자,외국법인의 국내원천소득과 관련한 조세조약상 비과세, 면제 또는 제한 세율을 적용받기 위한 경정청구의 처리 등 포함)
② 재조사결정에 따른 사실관계의 확인 등에 필요한 경우
③ 거래당대방의 조사가 필요한 경우
④ 탈세혐의의 확인이 필요한 경우
➄ 명의위장, 차명계좌를 이용한 세금탈루에 대한 확인
➅ 주식등의 고저가 거래 및 자본거래에 따라 특수관계인에게 이익을 분여한 혐의가 있는 경우
➆ 무자료거래, 위장,가공거래 등 특정거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있고, 조세채권확보를 위해 긴급한 조사가 필요한 경우

자. 세무조사결과의 통지

세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사 결과를 세무조사 결과 통지서로 납세자에게 통지하여야 한다. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다(국기법 제81조의 9 및 영 제63조의 13 및 규칙 제37조).

1) 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우
2) 재조사결정에 의한 조사
3) 세무조사결과 통지서 수령으 ㄹ거부하거나 회피하는 경우

* 종전은 폐업의 경우에도 통지를 생략할 수 있도록 하였으나, 폐업하더라도 거주지등으로 통보하도록 함(2019.1. 국기영 개정)

차. 세무조사 유예

아래의 경우에는 국세청장이 정하는 훈령에 따라 세무조사가 유예된다.

(1) 일자리 창출기업에 대한 조사유예

2016 과세연도 수입금액이 1천억원 미만인 조특법상 중소기업으로서 2018년도 상시근로자수(연평균)가 2017년도 대비 2%(수입금액이 300억원을 초과하는 기업은 4%) 증가시킬 계획이 있는 경우에는 2017.11.31.까지 국세청 홈택스에 접속하거나 세무서 민원실로 방문 또는 우편에 의해 일자리창출계획서를 제출하면 2016년 정기세무조사 선정에서 제외한다. 이 경우 청년(15-29세)을 고용하는 경우 청년 1명당 근로자수 1.5명으로 계산한다.

(2) 정상가격 산출방법 사전승인 신청(APA)자에 대한 조사 유예

과세관청(지방국세청, 세무서)은 세무조사 착수 전에 조사대상자의 APA여부에 대해 반드시 사전확인 하여야 하며, APA를 사전신청한 경우에는 국세청 국제조사과에 세무조사 유예에 대한 의견조회 절차를 거쳐야 한다. 국세청 본청 국제조사과는 조세회피혐의, 비정기조사 선정 등 조사목적상 필요성, APA대상기간 및 거래 등을 고려하여 세무조사 유예 여부를 판단한다.

카. 위법한 세무조사에 기한 과세처분의 효력

헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 ‘적법절차의 원칙’은 형사소송절차에 국한되지 아니하고 모든 국가작용 전반에 대하여 적용 되며(헌법재판소 1992. 12. 24. 선고, 92헌가8 결정 ; 헌법재판소 1998. 5. 28. 선고, 96헌바4 결정 등 참조), 세무공무원의 세무조사권의 행사에서도 적법절차의 원칙은 마땅히 준수되어야 한다. 따라서 위법한 세무조사에 기해 이루어진 과세처분은 적법절차를 위반한 것이 되어서 특별한 사정이 없는 한 위법하다(대법원 2014.6.26.선고, 2012두 911 판결).

[관련 설명]

1) 현재, 기획재정부령에서 따로 정하고 있는 바가 없음.